Cikal Bakal Gagasan (1960)
Gubernur Maluku saat itu, Mohamad Padang (1960–1965), bersama tokoh-tokoh Islam Maluku mendorong hadirnya lembaga pendidikan tinggi Islam. Namun, keterbatasan infrastruktur dan sumber daya menjadi tantangan besar. Sementara itu, realisasi pertama justru muncul di Ternate pada tahun 1966, dengan berdirinya Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin Makassar Cabang Ternate, berdasarkan SK Menteri Agama RI Nomor 55 Tahun 1966.
Awal Perjuangan di Ambon (1982–1988)
Upaya mewujudkan perguruan tinggi Islam di Ambon baru terealisasi 15 tahun kemudian. Tepat pada 29 Agustus 1982, berdirilah Fakultas Syariah Filial IAIN Alauddin Ujung Pandang di Ambon, dengan Drs. H. Usman Rumbia sebagai Kuasa Dekan. Setahun kemudian, pada 1983, hadir pula Fakultas Ushuluddin, yang dipimpin oleh Drs. H.A.R. Umarella.Keterbatasan sarana mengharuskan perkuliahan dilakukan di gedung pinjaman, termasuk di Kantor Wilayah Departemen Agama dan Yayasan Darussalam Maluku. Namun, semangat tak surut. Pada tahun 1988, kedua fakultas tersebut disahkan menjadi fakultas definitif melalui PP No. 33 Tahun 1985, Keppres No. 9 Tahun 1987, dan SK Menteri Agama No. 18 Tahun 1988. Tanggal 29 Agustus 1988, dua dekan definitif dilantik: Drs. H. Sahabuddin (Fakultas Syariah) dan Drs. H. Hamadi B. Husain (Fakultas Ushuluddin).
Peneguhan Lahan dan Perluasan Akses (1992–1997)
Pada 1992, keluarga Hatala dari Desa Batumerah menghibahkan tanah seluas 2,7 hektar kepada kampus. Lahan ini menjadi tonggak penting pembangunan fisik. Tak lama, beberapa jurusan baru dibuka, termasuk Perdata Pidana, Perbandingan Mazhab, Aqidah Filsafat, dan Dakwah. Perkembangan pesat ini mendorong transformasi lebih lanjut.
Menjadi STAIN Ambon (1997)
Puncaknya, pada 21 Maret 1997, terbit Keputusan Presiden RI No. 11 Tahun 1997 tentang pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Ambon, yang secara formal memisahkan diri dari IAIN Alauddin Makassar. Dengan SK Menteri Agama dan Dirjen terkait, status kelembagaan berganti dan Drs. H. Idris Latuconsina ditunjuk sebagai Ketua STAIN Ambon periode 1997–2003.Selama menjadi STAIN, banyak program studi baru dibuka, antara lain Komunikasi Penyiaran Islam (KPI), Pendidikan Agama Islam, hingga jurusan eksakta seperti Pendidikan Biologi dan Matematika. Masa ini menjadi fondasi penting menuju peningkatan status kelembagaan.
Menjadi IAIN Ambon (2006)
Melalui kerja keras dan semangat para pimpinan serta civitas akademika, pada 29 Desember 2006, STAIN Ambon resmi berubah status menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Ambon, berdasarkan Keppres RI No. 111 Tahun 2006. Ketua STAIN saat itu, Drs. H.M. Attamimy, M.Ag ditunjuk sebagai Pjs. Rektor pertama.Di bawah kepemimpinan selanjutnya, khususnya Prof. Dr. H. Dedi Djubaedi, M.Ag (2008–2012), terjadi transformasi besar-besaran baik fisik, akademik, maupun budaya kerja. IAIN Ambon mulai tampil di kancah nasional dan internasional. Periode selanjutnya dipimpin oleh Dr. Hasbollah Toisuta, M.Ag (2012–2020), Dr. Zainal Abidin Rahawarin, M.Si (2020–2024) dan Dr. Abidin Wakano, M.Ag (2024-sekarang), yang terus melanjutkan perjuangan transformasi kampus.
Menjadi UIN Abdul Muthalib Sangadji Ambon (2025)
Setelah melalui proses panjang, akhirnya pada 2025, IAIN Ambon resmi berubah status menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Abdul Muthalib Sangadji Ambon, berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 60 Tahun 2025.Nama Abdul Muthalib Sangadji diabadikan sebagai bentuk penghargaan terhadap tokoh besar Islam Maluku, pejuang kemerdekaan, dan tokoh pendidikan Islam yang visioner.Perubahan ini terjadi pada awal kepemimpinan Dr. Abidin Wakano, M.Ag dan sekaligus menjadi lompatan terbesar dalam sejarah perjuangan pendidikan di Maluku.Secara, bahwa transformasi UIN Abdul Muthalib Sangadji Ambon adalah kisah perjuangan kolektif—dimulai dari gagasan visioner tokoh-tokoh Islam Maluku pada 1960-an, menjadi filial IAIN Alauddin Makassar pada 1982, lalu mandiri sebagai STAIN Ambon (1997), berubah menjadi IAIN Ambon (2006), hingga menjadi universitas penuh pada 2025. Semua ini menjadi bukti bahwa cita-cita besar, meski tertunda, akan menemukan jalannya jika diperjuangkan dengan konsistensi dan keyakinan.
